WebかAppかプロパティで判別しやすくなります。
しばらく見ないでいたら、ManagementAPIに項目が追加されてました。このtypeという欄を見れば、Web解析かアプリ解析かわかるそうです。
Google Analytics Management API Changelog – Google Analytics — Google Developers
これによりますと、プロパティにタイプ項目が増え、WebなのかAppなのかを識別できるようになるらしい。
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そのうち設定画面にも出るかも。