WebかAppかプロパティで判別しやすくなります。
しばらく見ないでいたら、ManagementAPIに項目が追加されてました。このtypeという欄を見れば、Web解析かアプリ解析かわかるそうです。
Google Analytics Management API Changelog – Google Analytics — Google Developers
これによりますと、プロパティにタイプ項目が増え、WebなのかAppなのかを識別できるようになるらしい。
[hitokoto face=”yubisasi”]そのうち設定画面にも出るかも。[/hitokoto]