グーグルアナリティクスでは、サブドメインで管理される複数のサイトを同時に
トラッキングするときは、注意が必要でしたが、このソースを使えば解決するかもしれません。
» Google Analytics: Automatic tracking across multiple domains – iQ Blog
このスクリプトを使えば、サブドメイン間で移動があったときに、
セッションIDを引き継ぎ同一セッションであると認識させられるようです。
ソースもダウンロード可能ですので、試してみてはいかがでしょうか。
公式ヘルプによる、複数ドメイン設置の手順はこちらです。
複数のドメインにまたがるサイトにトラッキング コードをインストールするにはどうすればよいですか？ – Analytics ヘルプ